27 Ноября 1903 года Вилхельм Хаусчилд написал письмо, подписанное 170-ью рабочими, он искал поддержку в начинающем виде спорта Фриедрич Байер и Ко, стороны согласовали все и 1 июля 1904 года был основан Байер Ливеркузен. 1907-ом году был сформирован футбольный отдел в пределах клуба.
В периоде 1930-х годов клуб играл в третьем и четвертом дивизионе. В 1936 пробрался во второй. Также клуб в этом году носил имя Байер впервые. Первое появление в высшей лиге упоминается в 1951, в Западной  Оберлиге. После этого клуб не возвращался в лигу до 1962, когда образовалась профессиональная лига.
Команда сделала некоторой степени прорыв в 1968, выиграв чемпионство, но были не в состоянии продвинуться в первое дивизион. Они отправились снова назад в 1973, но сделав быстрый возврат, закончив там сезон вторым. Четырьмя годами позже, команда  обеспечила место в Бундеслиге, в 1979/80 сезоне.
Ливеркузенцы выиграли в 1988 Кубок  УЕФА , одолев в финальном матче испанский Эспаньол.
Этим же летом главным тренером клуба становится Рейнер Калмунд, эта сделка считалась одной из наиболее важных перемен в истории клуба, тренер введший команду десятилетие и половина всего успеха клуба связанно с приобретением игроков.
После соединения Германии в 1990, тренер быстро купил восточных немецких звезд, Андреаса Тома и Йенса Мелзига, после этого команда становится всеми любимо не только в родном городе.  Также Калмунд подружился с Жаном Фигером, одним из самых сильных игроков сборной Бразилии. Следующие несколько лет, в клубе развились такие суперзвезды футбола, как например, Жоржиньё и Пауло Сержио, объединил команду чех Павел Хапал.
Клуб выигрывает следующим Кубок Германии в 1993, со счётом 1-0 обыгрывая берлинскую Гетру.
В 1996 году в клуб пришёл новый тренер Кристоф Даум, который  помог раскрыть таланты таких игроков как, Лусио, Эмерсон, Зе Роберто и Михаэль Баллак.

В 2002 клуб добирается до финала Лиги Чемпионов, где крупно уступают мадридскому Реалу, именно Байеру забил один из своих голов Зенедин Зидан, как ещё в народе называют этот гол «чудоголом Зидана». В следующем сезоне команда потеряла своих звёзд полузащитников Михаэля Баллака и бразильца Зе Роберто, которые ушли в мюнхенскую Баварию. После этого сезона Байер громко о себе не заявлял в Европе, кроме 2005 года, когда выступал в групповом этапе Лиги чемпионов.
Культура Клуба
Байер один из тех клубок, который стремится к чистому, семейному и дружественному образу пропагандирования игры в футбол.  Стадион клуба – БайАрена имеет репутацию одного из лучших семейных и дружественных футбольных стадионов Германии.