Первый состав команды клуба был основан в 1860-м году,под названием «Мюнхен-1860». Современное название Ф.К «Бавария» появилась 27 февраля 1900-го г. Франц Йон и еще десять человек, отказавшихся от членства в Мюнхенском спортивном союзе MTV-79, создали отдельный футбольный клуб «Байерн» (Бавария), в честь германской земли современное название - Бавария,именно ее центр это город Мюнхен. Так пришло название клуба как «Бавария».

Первый президент клуба - Франц Джон. Первый капитан и играющий тренер клуба — Пауль Франке. Первый матч команда, играла под руководством англичанина Тейлора, 4 апреля 1900 года с клубом MTV-79, победа 7:1.

Первый международный матч «Баварии» состоялся проигрышем в Праге с клубом ДФК — 0:8. Первый легионер был приглашен в 1903 году — голландец Виллем Хесселинк.

Первый успех - сезоне 1925 -1926-го.Ф.К «Бавария» первенствовала в турнире Южной региональной лиги, уступила титул чемпиона Германии, лейпцигской «Фортуне». Через два года команда в полуфинале общенационального первенства проиграла Ф.К «Гамбург» — 2:8.

В 1932 году, в финале чемпионата Германии Баварией был побежден «Айнтрахт» 2-0.

Через 25 лет футболисты «Баварии» в финале Кубка ФРГ обыграли со счетом 1:0 дюссельдорфскую «Фортуну». Это был их первый послевоенный успех, но он оказался случайным, так как на международной арене клуб легко уступил со счетом 3:0 киевскому «Динамо».

1963—1979-й год, клуб попал в Бундеслигу, созданную в 1963 году. Президентом клуба Вильгельм Нойдеккер, тренер югослав Златко Чайковский (ранее тренировавший «Кёльн»).

В 1965 году «Бавария» попала в элитный немецкий чемпионат победами в Южной региональной лиге и переходном турнире. В первом чемпионате Бундеслиги баварцы заняли3-е место и завоевали Кубок страны, получив право играть в Кубке Кубков. И 31-го мая 1967-го года в Нюрнберге «Бавария» победила шотландский «Рейнджерс».

В 1969 году «Бавария» первенствовала и в чемпионате бундеслиги, и в Кубке страны. Новым тренером «Баварии» стал Удо Латтек.

1974-й год стал для «Баварии» триумфальным. В финале Кубка чемпионов она играла с мадридским «Атлетико». Основное время заканчивается вничью — 0:0, в добавленное время Атлетико забил гол. Но за 7 секунд до финального свистка Георг Шварценбек дальним ударом сравнял счёт. Поскольку тогда по регламенту, в финальных матчах пенальти не пробивали, матч был переигран, и «Бавария» выиграла у испанцев — 4:0.

1980-е «Бавария» успешно команда выступала под началом главного тренера Удо Латтека, 1983—1987 г. В 1982, 1984 и 1986 команда стала обладателем Кубка Германии. В 1980-1981, 1984-1985, 1985-1986, 1986-1987, 1988-1989, 1989-1990 Бавария выигрывала Чемпионат Германии. На европейской арене в 1981-1982 и 1986-1987 Бавария доходила до финала Лиги чемпионов.

В 1990-х «Бавария» больших побед не достигла. В 1994-м выиграла Чемпионат Германии по футболу. В 1994-м тренер Франц Беккенбауэр был президентом клуба. В 1996-м году Бекенбауер привел команду к победе в Кубке УЕФА.

В 1998 в «Баварию» пришел Оттмар Хитцфельд, в сезоне 1998 -1999 «Бавария» выиграла Чемпионат Германии, дошла до финала Лиги чемпионов, проиграв «Манчестер Юнайтед» 1:2.

Титулы команды клуба Бавария