Футбольная команда в городе Овидиополе создана в 1947-м году. В любительских соревнованиях Одесской области и Украины город представлял клуб «Дзержинец». В 1980-м году Овидиополь впервые чемпион области. В 1992-м году был создан нынешний футбольный клуб «Днестр».

Команда четырежды чемпион Одесской области (1997 - 1998 годы, 1998 - 1999 год, 1999 - 2000год, 2000-й, дважды серебряным призером областного чемпионата (1994 - 1995 год, 1996 - 1997 год). В 1999-м и 2000-м команда выигрывала Кубок Одещины, а в 1998 году финалист Кубка области. В 1997-м году клуб «Днестр» выиграл футбольный Кубок федерации футбола Одесской области.

В 1998 - 2000-х годах команда играла в любительском чемпионате Украины. В 1999 году команда стала его победителем. В сезоне 1998 - 1999-м команда выступала в Кубке Украины среди любителей, дошла до четвертьфинала. В 1/8 финала Овидиополь победили СК «Первомайск» счет 0:0 (в гостях) а счет 6:0 (дома), в 1/4 уступили команде клуба ГПЗ 0:0 (дома) и счет 0:2 (игра на выезде).

В сезоне 2000 - 2001-го команда играла в Кубке регионов УЕФА, выбыла в первом этапе, заняла второе место в группе. Матчи проходили в городе Плевне (Болгария). В чемпионатах Украины (2001 - 2002 по 2006 - 2007) команда провела 176 матчей, вних одержала 83 победы, 41 ничьи, 52 поражения, разница в мячах 214 - 149. Лучшее место в группе «А» второй лиги  - 1-е (2006 и 2007 год), в группе «Б» второй лиги - 4-е место 2003 - 2004 год.

Первый матч в чемпионате команда сыграла в 2001-м году в Херсоне на стадионе «Кристалл» против спортивного клуба; хозяева победили счет 2:1. Крупнейшие победы клуба: счет 5:0 «Рось», 12 мая 2005 года, Овидиополь - «Княжа», 26 августа 2006 года, Овидиополь - «Интер», 10 апреля 2007 года, Овидиополь. Крупнейшие поражения команды: 0:5 «Динамо-2», 29 июля 2007 года, Киев. Больше всех игр провёл Сергей Бабий 160 матчей. Лучшие бомбардиры клуба - Александр Бондаренко, Евгений Сидорский по 15 мячей.

В розыгрышах Кубка Украины в 2002 - 2003 по 2006- 2007-й «Днестр» провёл 7 игр, добыл 2 победы и 5 поражений, разница рабитых и пропущених мячей 10 - 14. Лучшее достижение команды   - выход в 1/16 финала 2002 - 2003 и 2003 по 2004 год. Первый матч в Кубке команда клуба сыграла 10-го августа 2002 года в Овидиополе против мариупольского клуба «Металлург», в котором выиграла со счетом 1:0.

Статистика клуба - Наибольшая победа команды: 2:0 «Энергетик», 24 сентября 2007 года, Овидиополь. Наибольшее поражение клуба: 1:3 («Металлург» Д, 12 августа 2006-го года, Овидиополь) Больше всех игр в Кубке провели Сергей Бабий - 7, Олег Ильченко, Александр Краснянский, Вадим Юрченко - по 6. Лучший бомбардир - Александр Пинчук (забито 3 мяча).